肠道菌群是人体最大的微生态系统，参与维持肠道的屏障完整性、能量代谢以及免疫稳态。近年来“肠-卵轴”的提出，为解析PCOS全身炎症与卵巢局部免疫紊乱提供新视角。研究发现，PCOS患者普遍存在肠道菌群失调，表现为肠道中革兰氏阴性致病菌丰度升高，嗜黏蛋白阿克曼菌、乳杆菌、双歧杆菌等有益菌丰度降低；肠道菌群失调可导致肠道屏障受损通透性增加，形成“肠漏”，致使革兰氏阴性菌产生的LPS以及其他肠道代谢微生物更容易进入体循环，形成代谢性内毒素血症，激活TLR4/NF-κB等通路，从而诱导巨噬细胞向M1型极化。LPS还可能通过“肠-卵轴”直接作用于卵巢组织的巨噬细胞。
 

Andreassen等研究发现，在卵巢组织中，LPS通过TLR4/NF-κB信号促进MCP-1分泌及AKT信号激活，从而调控卵泡活化及卵巢局部炎症微环境。此外，最新研究发现，肠道菌群失调诱发的巨噬细胞焦亡，可造成雌激素合成紊乱与卵巢颗粒细胞凋亡，参与PCOS病理过程。除上述之外，肠道菌群代谢产物的异常改变也会影响巨噬细胞极化调控。以肠道中的短链脂肪酸丁酸为例，其在子宫内膜异位症中已被证实能够促进M2型巨噬细胞极化并抑制M1型极化，发挥抗炎与组织保护作用。而在PCOS的病理微环境中，这种肠道菌群代谢产物的保护作用会因为吸收障碍而缺失。