若上述条件控制不当，可能出现细胞贴附不足、局部多层化、TEER波动、紧密连接不连续或吸收相关功能不足等问题。因此，3D类器官向2D屏障模型的转化应被视为一个需要参数优化和质量控制的关键建模环节，而非单纯的操作流程。类器官的回收与去胶是3D类器官向2D屏障模型转化的起始环节，其目的不仅是将类器官从基质胶中释放出来，更重要的是在尽量减少机械损伤和细胞丢失的前提下，获得状态一致、残胶较少且适合后续消化和接种的类器官群体。
 

由于小肠类器官通常包埋于基质胶或基底膜提取物等基质胶圆顶中培养，基质胶的溶解程度会直接影响后续酶消化效率、细胞计数准确性、接种均一性及单层膜形成质量。已有操作流程多采用预冷的细胞回收液、温和细胞解离试剂或冰冷基础培养基/磷酸盐缓冲液处理基质胶圆顶，并在冰上孵育20～ 60min，期间配合轻柔吹打或间断颠倒混匀，使基质胶逐渐液化并释放类器官。与单纯追求“完全回收”相比，该步骤更强调回收条件的温和性和终点判断，即显微镜下应观察到基质胶团块明显减少、类器官从胶中游离，且类器官总体结构未出现明显破碎或大量细胞碎片。类器官初始状态是影响回收质量的重要因素。