在提高克隆识别能力的基础上，重组酶条形码进一步增强了谱系分析的克隆分辨率，并推动其向克隆命运与细胞状态的联合解析拓展。PolyloxExpress使重组条形码能够被转录并与单细胞RNA测序联合读取，从而在确定克隆归属的同时获得细胞转录状态。这种整合使谱系分析由“哪些细胞来源于同一克隆”进一步拓展至“同一克隆产生了哪些细胞类型和分子状态”，说明高容量条形码的价值不仅在于增加可区分的克隆数量，更在于以克隆为单位比较细胞命运组成和状态差异。克隆分辨率的提高并不等同于连续谱系历史记录能力的增强。Polylox等体系主要在特定Cre诱导窗口内形成条形码，随后作为稳定的克隆标识遗传给子代，因此更适于分析共同克隆来源、终末命运贡献及克隆间差异，而对后续连续发生的多层级谱系分支记录相对有限。因此，重组酶体内条形码的应用需要综合考虑有效条形码多样性、标记时间窗口和读取方式。与通过预设DNA元件重排形成条形码不同，CRISPR/Cas系统利用靶向编辑产生可遗传序列变异，为体内谱系记录提供了另一种技术路径。
 

与重组酶通过预设DNA元件重排形成条形码不同，CRISPR/Cas系统主要利用靶向编辑产生可遗传的序列变异，并通过细胞分裂传递至后代。若编辑活动在一定时间范围内持续发生，条形码可随谱系发展逐步积累新的突变，使其不仅能够标识克隆身份，还可利用不同细胞间共享和特异的编辑事件推断谱系关系。Homing CRISPR通过自靶向向导RNA可对其自身编码位点开展多轮靶向诱变，使突变在细胞增殖过程中逐渐积累，为体内动态谱系记录提供了代表性策略。
 

出自《细胞示踪技术的研究进展与展望》作者王佳佳，千亿，李文昊。