细胞生物信息学涉及多个学科领域, 包括分子生物学、遗传学、免疫学、生物力学等.我们归纳了细胞生物信息学包含的内容以及目前研究的细胞信息感测技术.重点关注于细胞信息获取及分析处理技术的国内外研究现状,并对其未来的发展和挑战进行讨论.目前细胞信息获取的大部分工作主要通过测序技术完成并已获得很大进展,限于篇幅,我们只讨论转录组测序前沿单细胞转录组测序和空间转录组测序技术,其他测序技术因为已有大量文献讨论不在这里赘述。
 

近15年时间里,高通量测序深刻地改变了人们对生物学，人类多样性和疾病的理解并被广泛应用于医学、生物学等领域的科学研究.除了可以量化基因表达外,转录组测序还可以用于发现新的转录本以及检测等位基因特异性表达.传统转录组测序方法只能获得多细胞转录组数据的平均值从而丢失细胞异质性信息.单细胞转录组测序是指通过下一代测序技术获取单个细胞转录组信息的技术.近年来,单细胞转录组测序蓬勃发展. 相比较传统转录组测序方法,单细胞转录组测序技术具有可检测细胞间异质性、可检测少量细胞以及绘制细胞图谱等诸多优势.scRNA-seq的主要过程包括单细胞悬液制备、细胞裂解、逆转录和cDNA扩增、文库构建排序、单细胞数据分析等。
 

出自《细胞生物信息学及技术》作者顾宁,王方旭,李艳。