2017 年，Lan等首先提出了结合微流控技术、片段化和序列标签的单细胞基因组测序Sic-seq，并使用这种方法来分析了环境样本中微生物耐药基因、毒力因子和噬菌体序列的分布。2020年，Chijiiwa等发现借助单细胞基因组测序技术可以在没有参考基因组的情况下在物种水平上识别代谢应答者，为区分鉴定微生物群落中具有特定功能的未培养微生物提供了方法。
 

Doud 等通过识别和捕获基于其原位功能或特征的单个微生物，扩充了功能驱动的单细胞基因组学。该方法先用荧光标记微生物含有的纤维素颗粒，然后通过荧光激活细胞分选方法分离单细胞进行宏基因组鸟枪法测序，结合16SrRNA 基因扩增子测序进行系统发育定位，并对纤维素酶进行基因鉴定、表达检测和活性测试。这种功能驱动的单细胞方法可以将微生物分类直接与原位功能联系起来，具有广泛的应用前景和重大的实际意义。
 

出自《单细胞测序技术在微生物生态领域中的应用》作者王丹蕊,沈文丽,魏子艳。