免疫亲和法依赖于外泌体表面表达的特异性蛋白抗体来进行捕获而分离。针对外泌体的特异性蛋白抗体可以附着在平板、磁珠、树脂和微流体装置等不同基质上，进而从样品中捕获含有特异性蛋白的外泌体。与其他技术相比，免疫法虽然特异性高，捕获的外泌体纯度更高，但产量相对更低。
 

由于生物液体的复杂性，免疫亲和捕获技术常用于外泌体超速离心或超滤富集后，非常适合临床诊断等少量样品的应用场景，既获得高纯度的同时，还可以保留外泌体的活性。在实际应用研究中，发现高特异性且低成本的标志蛋白抗体是免疫法分离外泌体的主要困难。此外，外泌体含有多个标志蛋白，且不一定同时同体表达，通过抗原抗体结合捕获提取液中的所有外泌体效率不高。未来有望通过寻找外泌体表面高表达蛋白抗体或优化捕获效率提高抗体使用频率的方法加大免疫法在外泌体分离的应用。
 

微流控技术是将样品处理、分析、检测等过程集成到一个芯片上，具有小型化、集成化、高通量、低耗时等特点。