小肠类器官和结肠类器官的分化细胞有一定区别。由于培养基中不同生长因子的刺激，干细胞不断分裂产生扩增细胞，向类器官内腔，即肠上皮，方向迁移，分化生成的肠上皮细胞排列在中央腔，包括吸收细胞、杯状细胞、肠内分泌细胞、簇状细胞，赋予肠类器官多种生理功能。其中，肠道类器官绒毛结构主要由吸收细胞产生，吸收细胞表达多种特异性转运体，如钠-葡萄糖协同转运蛋白1等，完成多种营养素的跨上皮转运过程。潘氏细胞排列于干细胞中间，在结肠中少量存在或缺失，可分泌溶菌酶以抵御细菌入侵，还可分泌Wnt等信号分子，调节肠干细胞的增殖分化。
 

杯状细胞分泌的黏蛋白和上皮细胞之间的紧密连接蛋白共同构成黏液屏障，对抵御病原体入侵、维持肠道微生态至关重要；内分泌细胞可分泌包括胆囊收缩素、胰高血糖素样肽-1、胃抑制多肽等多种肠道激素，胆囊收缩素可通过促进胰腺消化酶分泌等方式提高营养素的消化速率。
 

出自《肠道类器官的构建及其在食品营养方法学中的应用》作者刘畅，张雪纯 ，李涵。