Notch信号通路的抑制会促进分泌型肠道上皮细胞亚群的形成。杯状细胞可分泌黏蛋白Mucin-2参与构成肠道黏膜层。肠道黏液作为肠道共栖微生物的营养利用与栖息位点，构成了肠道的微生物屏障。潘氏细胞通过TLR和Nod样受体等模式识别受体感知微生物，进而释放抗菌肽来增强肠道抗菌防御功能。潘氏细胞主要分泌的抗菌肽是α-防御素，其通过破坏细菌的外膜和改变膜通透性及电导率起到杀菌作用。溶菌酶通过破坏细菌细胞壁肽聚糖中的β-1,4-糖苷键，使细胞壁破裂从而发挥杀菌作用。
 

类似地，C型凝集素可与肽聚糖结合，产生对革兰氏阳性菌的杀伤作用。M细胞是肠道重要的抗原呈递细胞，其可摄取肠腔内抗原并呈递给免疫细胞如树突状细胞、巨噬细胞和B细胞等从而诱导肠道免疫应答反应。总之，ISCs增殖分化功能相关调控因子通过改变肠道上皮细胞组成发挥对肠道微生物的调控作用。肠道共生微生物对ISCs增殖分化和黏膜上皮的更新起重要调控作用。研究表明无菌小鼠和抗生素处理的动物肠道上皮细胞增殖以及迁移活性降低，肠道成熟细胞亚群如杯状细胞和肠内分泌细胞数量减少。
 

出自《肠道微生物和宿主肠道干细胞互作机制的研究进展》作者郭芳申，甄文瑞，张祎。