EGF配体同ErbB受体结合后，引起受体细胞特定酪氨酸残基磷酸化。磷酸化残基通过激活MAPK、PI3K-AKT和JAK-STAT等通路，调控ISCs的增殖和分化。BMP属于转化生长因子家族，由肠道间充质细胞产生，主要类型为BMP2和BMP4等。BMP2和BMP4与骨形态发生蛋白受体1A型结合激活SmaD蛋白，抑制Lgr5+ISCs增殖，促进其分化。同时隐窝周围的基质细胞，包括肌成纤维细胞和平滑肌细胞可分泌BMP抑制剂，包括Noggin、Chorordins和Gremlins等，促进ISCs的增殖和更新。与Wnt信号相反，BMP浓度由隐窝底部至绒毛顶端逐渐提高，两者以冗余的方式建立ISCs分化生态梯度。
 

Notch信号通路是决定ISCs分化命运的首要因素，其激活会促进ISCs向肠细胞分化。肠道固有层浆细胞分泌的多聚免疫球蛋白A通过与肠细胞表达的多聚免疫球蛋白受体结合运送到上皮细胞顶端膜，进而转化为分泌型免疫球蛋白A。sIgA可通过凝集或抑制细菌鞭毛蛋白的形成进而限制潜在致病菌如分段丝状细菌和变形杆菌的生长，包裹共生菌如阿克曼菌和乳杆菌等增强其在肠黏膜中的黏附和定殖。
 

出自《肠道微生物和宿主肠道干细胞互作机制的研究进展》作者郭芳申，甄文瑞，张祎。