单细胞测序技术在miRNA研究中的创新应用2025-12-30 08:36:11
而液滴分选技术如10x Genomics Chromium系统，通过油包水乳滴将细胞与带有独特分子标识符的磁珠随机包裹，实现高通量但灵敏度较低的miRNA捕获，其核心优势在于大规模单细胞转录组数据与miRNA调控变异性分析。此外，基于微孔板的Smart-seq2技术采用全转录组扩增策略，虽通量低但覆盖miRNA异构体检测，可揭示白细胞介素1β等因子对软骨细胞miRISC复合体动态重编程的影响。上述技术均需结合靶向富集策略解决低丰度miRNA检测难题，并在软骨分化研究中成功应用于鉴定诱导多能干细胞向软骨细胞分化过程中关键调控因子，以及骨关节炎软骨细胞亚群特异的miRNA表达特征。生物信息学分析技术主要可分为3类：1.miRNA靶基因预测技术，如靶标扫描、miRNA分析，通过序列互补性算法预测miRNA-mRNA相互作用，其中靶标扫描侧重种子区匹配而miRNA分析整合自由能计算；2.差异表达分析技术，如差异表达分析2、边缘发现率，基于RNA测序数据通过负二项分布模型识别软骨发育中差异miRNA，前者更适合小样本而后者处理批次效应更优；3.网络构建技术，如细胞景观、串扰网络，将miRNA-靶基因关系可视化并富集通路，细胞景观支持多组学数据整合，而串扰网络侧重蛋白互作网络验证。
这些技术已成功应用于鉴定性别决定区Y框蛋白9、Ⅱ型胶原等软骨形成关键基因的调控miRNA，并通过实验验证了生物信息学预测的可靠性。最新进展显示，多组学整合分析和动力学建模正成为揭示软骨发育表观遗传调控网络的有力工具。
出自《miRNA 参与软骨发育的机制：新策略及新靶点》作者王正业，刘万林，赵振群。
