该技术的发展使研究者能够从单纯的细胞类型识别进一步转向细胞在组织中如何排列、彼此如何邻近以及处于何种局部微环境的研究。空间转录组学的概念最早由Ståhl等提出，其通过将组织切片置于带有空间位置条形码的寡核苷酸阵列上，使组织内mRNA在原位被捕获并进行反转录、建库和测序，从而在获得基因表达信息的同时保留其二维空间坐标。此后，随着原位杂交、原位测序、多重成像和微流控条形码等技术的发展，空间组学逐渐从空间转录组扩展至空间蛋白组、空间代谢组和空间多组学分析，为解析复杂组织微环境提供了新的技术路径。
 

根据检测原理和数据获取方式的不同，空间组学技术大致可分为基于测序的空间组学和基于成像的空间组学两大类。基于测序的方法通常依赖带有空间条形码的芯片、微珠或微流控通道捕获组织切片中的RNA，随后通过第二代测序获得不同空间位置的转录本信息。这类技术的优势在于检测通量较高，部分平台可实现接近全转录组水平的分析，适用于发现新的空间区域、细胞状态和信号通路。但其空间分辨率常受限于捕获点大小或微珠直径，部分数据需要结合单细胞转录组参考图谱进行去卷积分析。
 

出自《单细胞多组学技术在造血干细胞研究中的应用与进展》作者张奕扬，董芳。