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蛋白质组转录组整合解析造血分化2026-07-31 08:44:05

进一步结合mtDNA突变追踪和基因调控网络分析,该研究还识别出与复发相关的高危克隆及潜在标志基因,这深化了对AML发病过程中表观遗传机制异常的认识,也体现了多组学整合在连接细胞状态、调控程序和克隆演化方面的优势。此外,Xiao团队近期开发的EpiTrace方法则将scATAC-seq与scRNA-seq等结合,基于染色质可及性与DNA甲基化之间的内在联系,通过识别基因组中“时钟样染色质可及性位点”,从scATAC-seq数据中推断细胞的有丝分裂年龄和发育谱系。

EpiTrace技术不依赖于表型相似性,而是利用细胞分裂过程中染色质可及性异质性逐渐收敛的特性量化细胞年龄,从而在造血系统等多种生物系统中实现高精度的细胞起源和演化轨迹追溯。我们进一步关注到,该研究通过单细胞染色质全组学规模景观测序等技术对造血系统进一步分析时证实了在体外HSCs刺激扩增过程中,末端分化的细胞优先来源于较年轻的祖细胞,即较年轻的HPCs在扩增和分化方面的能力要强得多。这些技术有望精确描绘从HSCs到各谱系分化过程中染色质开放状态与甲基化修饰的动态耦合与解耦事件,为阐明造血分化与恶性转化的表观遗传驱动机制提供前所未有的多维视角。
 
在揭示基因表达最终功能产物的层面,单细胞蛋白质组与转录组的整合面临更大技术挑战,丹麦哥本哈根大学领衔的研究团队针对单纯依赖mRNA测序可能遗漏关键生物学信息的问题,较大规模地运用了SCP技术,从蛋白质层面构建了从HSCs到成熟血细胞分化过程中蛋白质表达的动态图谱。该研究团队通过质谱法SCP技术绘制了HSCs和HPCs在体内分化的层次结构,并将蛋白质组数据与单细胞转录组数据进行整合,构建了涵盖两千余个人类CD34+造血干/祖细胞早期分化全过程的多组学整合图谱。
 
出自《单细胞多组学技术在造血干细胞研究中的应用与进展》作者张奕扬,董芳。