IBDV优势种群的持续存在为IBD的广泛传播2022-02-11 09:18:03
IBD是一种危害全球养禽业重要疾病，最早于1957年在美国被发现。在中国最早于1979年被发现类似的病例。距离IBD的首次发现已经过去半个多世纪，但其病原IBDV仍在全世界范围内流行。分子流行病学的快速发展为大量分析分子流行病学数据提供了更便捷的工具。从分子水平对IBDV基因序列进行分析，为预测IBD的流行趋势和疫苗研发提供了有力支撑。本研究通过 Genbank 数据库进行查询、查阅文献报道，结合研究分离鉴定获得的29株IBDV vVP2基因序列，总共收集到1990-2017年国内255株IBDVvVP2基因序列。将255条IBDV vVP2基因序列整理为数据集，通过贝叶斯方法对IBDVvVP2基因序列数据集进行计算分析，了解IBDV vVP2基因碱基替换速率、系统进化和种群动态变化。系统进化分析显示，IBDV vVP2基因序列被分为3个大的进化分支。与 Linda 和 Jackwood最新提出的关于IBDV毒株分类方法相比较。Cluster 1包含vvIBDV 株，归类为genogroup 3。Cluster 2-1为 Variant 株，归类为genogroup 2。Cluster 2-2为cIBDV株，归类为genogroup 1。Cluster 3为Attenuated 株，归类为genogroup1。鉴于病毒种群中遗传多样性的限制会导致适应性和致病性降低，因此碱基替换速率理解病毒进化的关键因素。RNA病毒的碱基替换速率通常估计为10-2 - 10-5碱基替代/位点/年，绝大多数的病毒的碱基替换速率为10-3数量级。
通过绘制种群动态分布图构建 IBDV 的种群进化史。结果显示 IBDV的种群进化经历了平缓（1950-1988）- 快速增长（1989-1992）- 平缓增长（1993-2008）- 快速下降（2009-2012）- 平缓（2013-2017）的过程。通过种群动态分布图，可以追溯IBDV的起源自1950年代，与1962年Cosgrove等对该病在美国首次报道时间接近。1987年，IBD在欧洲首次出现了严重的爆发，这与种群快速增长期相对应。1993-2008年IBDV种群处于平缓增长期，IBDV优势种群的持续存在为IBD的广泛传播奠定了基础。目前IBDV种群经历快速下降阶段之后进入了平缓期，不排除未来可能再次发生种群变化的可能。
出自《传染性法氏囊病病毒分子流行病学及新型疫苗的研究》作者陈果。
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