合理的运行机制是生物医药产业创新生态系统良好运行的保障，也是系统演化规划的基础。有效的运行机制对创新生物系统持续成长与发展有着举足轻重的作用。生物医药产业创新生态系统的运行机制有以下几种。开放式创新是创新生态系统良好运行的基础。封闭式创新指企业在内部完全依靠自身的资源独自进行研发，创新的动力来自于技术推动和需求拉动两个方面。由于技术的发展，创新产品与创新过程的复杂性不断增大，封闭式的创新已经不能满足创新的需求，需要一种开放、协同的创新形式。开放式创新强调各创新主体从开放的视角主动地进行相互合作，从系统的角度来看待创新，通过整合生态系统中的资源来实现共同的目标。在以往的创新模式中，往往存在“拉郎配”的现象，系统中的成员缺乏合理的分工和协同，最终的创新效果并不好，还浪费了投入的资源。只有进行开放式创新，创新生态系统内的各个创新主体才能进行知识共享、信息流动，彼此协作共同完成创新。
 

生物医药产业创新生态系统中的各个创新种群之间以及种群内都存在着相互合作，与自然生态系统中的共生类似。由于资金、规模的不同，各创新主体处在不同的生态位。合作往往发生在处于不同生态位或生态位重合度较低的种群中。处于弱势地位但在技术、销售方式等方面有相对优势的创新主体会和大企业建立创新联盟，通过信息交流、资源共享等方式，共同抵御外部环境变化所带来的风险，提高创新的成功率，如合同生产组织（CMO）、合同销售组织（CSO）的出现。而需要同一资源或占据同一空间即处在同一生态位的创新种群为了避免生态位的重叠，会不断提升自身能力，寻找新的生态位。各个创新种群在实现整体利益最大化的同时，也实现了自身利益的提升，相互依存、协同共生，共同推动产业创新的发展。
 

出自《我国生物医药产业创新生态系统的构建研究》作者高宏，茅宁莹 。