尽管ATAC-seq和RNA-seq的数据分析在一定程度上吻合，但与糖酵解、氧化磷酸化和三羧酸循环相关的基因染色质可及性增强且RNA水平升高的只有5个，分别是Psen1、Cbfa2t3、Prkag2、Coq7和Aco2。这可能是由于染色质可及性增强的基因具有转录激活的倾向，但在 RNA 水平还未产生变化或已经被降解。而染色质可及性未增强但表达水平升高的基因可能是由其他转录调控方式进行激活。我们重点分析了在染色质增强且RNA水平升高的230个基因，PPI分析结果显示，这些基因主要富集在与TGF-β信号通路和SMAD磷酸化调控相关的GOTerm中。同时，我们使用预测软件分析转录因子识别区域染色质开放程度，转录因子SMAD3和SMAD4再次引起我们的兴趣。作为TGF-β通路的关键因子，最近报道显示SMAD蛋白在诱导多能性重编程过程中通过提高糖酵活性以增强重编程效率。
 

出自《p53缺失引发精原干细胞多能状态转化过程中能量代谢的改变及调控机制》作者刘洪洋，魏蕊,李晓晓。