单细胞的制备与捕获2021-09-26 09:49:39
高质量的样本是单细胞研究的关键所在。准确的测序结果与细胞的状态密不可分，有研究表明在不同的温度下细胞内的基因表达水平不尽相同，有时相差高达上千倍。待测组织先经过机械剪切成小块再经酶消化使细胞相互分离。根据样本选择使用不同的酶配方，以肝组织为例，可选用终浓度为0.16 mg/mL 胶原蛋白酶 IV 在 37℃消化10 min ；或用40μg/mL 的 Liberase Blendzyme3消化5-8 min。消化后的悬液要经过滤网筛以除去较大的组织团块和细胞碎片，然后将细胞重悬在含有胎牛血清的培养基中，并及时进行单细胞捕获以防细胞沉降聚集或发生死亡，因为聚集的细胞会使得单细胞捕获过程中发生非单一细胞测序，死亡的细胞会由于自身组学发生改变造成测序结果的偏差。现在手工分选细胞方法已不再使用，较为常见的单细胞捕获方法为荧光激活细胞分选和微流控技术。FACS 利用荧光标记细胞表面标志物将目的细胞分选至微量滴定板中，其效率高、捕获准且可去除可能对测序产生影响的受损细胞和死亡细胞。但 FACS 由于快速的流体分选过程会对细胞造成一定的损伤，所以为保证所得的数据量需要扩大起始分选量，然而这对某些稀少组织来说并不容易实现。
而微流控技术是依赖集成的微流控电路捕获含细胞的液滴至纳米孔中，可以同时处理上千个细胞，大大减少了试剂和材料的使用，在控制了成本的同时也保证了效率。激光捕获显微切割法不需要事先制备细胞悬液而是利用激光对组织进行切割，其特点是可以从空间上反映出每个细胞所处的位置但是对细胞损伤较大，一般在特定情况下才会选用。
出自《单细胞测序技术在肝脏疾病的应用与展望》作者过冬冬,孙芬,贺轩昂。
上一篇： 单细胞测序技术的出现对肝脏机制有深刻意义
下一篇： 单细胞基因组测序有很大基因组差异
