单细胞基因组测序有很大基因组差异2021-09-26 09:55:07
单细胞基因组测序细胞内极少的DNA含量不能达到直接测序需求，所以在进行单细胞基因组测序之前需先进行全基因组扩增。 其中基于PCR 扩增技术的有：简并寡核苷酸 PCR与扩增前引物延伸PCR。这两种方法都是在Taq聚合酶的作用下通过引物结合、延伸然后退火的过程执行扩增行为。因为在扩增时，即便是小的扩增条件改变（如引物、Taq 聚合酶浓度或退火温度等）也会因指数级扩增造成结果出现巨大差异，以致基因组的某些区域扩增过度而另一些区域扩增不足，产生较大的扩增后偏倚。因此基于 PCR 扩增的测序技术有很大的基因组覆盖差异，其范围可达到10％-90％之广， 如单核测序基因组覆盖广度只有约10％，而多次退火循环扩增技术利用特异引物实现仅扩增原始基因组的效果，使得基因组覆盖广度达到90％以上， 从而减少因为DNA 被循环扩增而产生的扩增偏倚。
多重置换扩增利用高保真聚合酶在恒温下进行链置换合成，由于该聚合酶具有 DNA 链 3‘-5‘ 校正作用，所以相比于上述 PCR 型扩增技术大约可将保真度提高一千倍。现在单细胞基因组扩增还可采用 PicoPLEX扩增技术，它具有相比于 MALBAC 更短的细胞裂解时间，重复性更高，对细胞拷贝数变异更加敏感等优势，因此逐渐受到人们青睐。扩增后的基因组在传统二代测序的基础上进行测序分析。
出自《单细胞测序技术在肝脏疾病的应用与展望》作者过冬冬,孙芬,贺轩昂。
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