特殊分子标记的引入可以在很大程度上纠正扩增造成的结果偏倚和降低背景噪音，如 CELseq2、Drop-seq则是应用UMI特殊标记的建库方法。得到cDNA后再通过体外转录技术进行扩增以满足后续测序要求。测序过程可根据目的和条件选择不同的测序手段，一般来说有两种转录本的测序方法 ：全长测序和3‘或5‘端测序。全长测序能够完整的表达转录组序列信息并能识别出基因变异以及转录部分的基因改变，如单核苷酸变异和融合转录等。对于3‘或5‘端50-100bp信息已经能满足实验的要求，考虑到成本和全长转录的实际价值，末端测序的方法则会大幅降低成本。
 

出自《单细胞测序技术在肝脏疾病的应用与展望》作者过冬冬,孙芬,贺轩昂。