单细胞测序在乳腺癌中的应用进展2021-09-29 09:18:27
从单细胞RNA-seq数据中推断出的拷贝数变化,从而将癌细胞与非癌细胞区分开。在单细胞分辨率下,乳腺癌细胞在肿瘤内表现出一部分相同的特征,以及发现了与乳腺癌亚型和关键的肿瘤通路有关的瘤内异质性。大多数非癌细胞是免疫细胞,有三种不同的T淋巴细胞、B淋巴细胞和巨噬细胞。T淋巴细胞和巨噬细胞均表现出免疫抑制特征:T细胞具有调节或衰竭表型,巨噬细胞具有M2表型。这些结果说明乳腺癌转录组具有广泛的瘤内异质性,瘤内异质性是导致临床治疗无效的原因之一。因此了解乳腺癌异质性水平以及微环境基因表达可能有助于确定更好的预后和治疗的分子靶点,进行精准治疗。分析乳腺癌转移和进展
循环肿瘤细胞(CTC)来源于原发肿瘤,通过循环迁移到其他部位从而导致肿瘤患者大部分死亡。2015年,Lawson等利用单细胞测序对不同分期的转移性乳腺癌进行基因表达分析,揭示了原发肿瘤,CTCs和转移癌细胞的个体基因组的之间的关联。对CTCs进行单细胞测序主要具有两大应用价值:一是操作过程更加简化且得到纯度更高的肿瘤细胞;二是对样本质量的要求更低,能够对所含有的微量DNA或RNA做出精准分析。总而言之,单细胞测序检测CTCs能更好的提示转移性乳腺癌患者的预后和对治疗的反应。
探索乳腺癌耐药机制
由于肿瘤耐药而复发的患者不计其数,这也是肿瘤治疗无效的原因之一。三阴性乳腺癌(TNBC)是一种侵袭性亚型肿瘤,常发生化疗耐药。2018年,Kim等使用了单细胞DNA和RNA测序对20例三阴性乳腺癌患者的化疗前和化疗后的肿瘤组织进行测序,结果表明,耐药基因型是预先存在的,但肿瘤细胞的耐药表达谱是在化疗后经转录重编码而获得的。这个发现对于克服乳腺癌的化疗耐药及寻找新的治疗靶点具有积极作用。
出自《单细胞测序技术及其在乳腺癌中的应用进展》作者杜彦宏,季雄娟。
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