然而，在使用三代转基因干扰技术调控目的基因时，本研究团队发现该技术存在以下缺点：（1）不能调控高表达基因；（2）不能同时调控多个基因；（3）该系统存在本底转录水平高的现象，在没有Gal4驱动时，某些组织仍有相当高的转录水平，从而影响果蝇发育，造成某些重要基因的转基因干扰果蝇无法纯合。为了解决这些问题，清华大学果蝇实验室研发了新一代转基因干扰技术。新一代干扰技术拥有以下特点：（1）使用vermilion代替white基因作为筛选标记，避免对果蝇神经系统及行为造成影响；（2）利用attP/attB系统，将转基因干扰载体定点整合到染色体上，避免了载体随机插入造成的位置效应和假阳性结果；（3）使用两个gypsy序列，可以加倍增强shRNA 转录水平；（4）该系统使用人工设计合成的启动子DSCP替代三代技术的hsp70启动子，降低了系统的本底转录水平，显著降低了该系统的假阳性，提升了纯合体的比例，将纯合子比例从85％提升到99％，便于保存和早期发育遗传学分析；（5）采用miR1构型调控目的基因，干扰效率高，脱靶率低，降低了假阳性和假阴性；（6）该系统可应用于雌性生殖细胞基因的调控；（7）突破性地实现了在同一个载体上克隆多个shRNA，可同时有效调控多个不同基因，如多个乙酰化基因或PRC1复合体等，也可针对同一基因，设计多个shRNA，提高干扰效率，实现对高转录基因的干扰，如组蛋白或微管蛋白等。
 

出自《模式动物果蝇的基因调控前沿技术》作者韩玉婷，许博文，李羽童.