空间转录组技术的概况2024-04-12 11:01:47
2016 年,Joakim Lundeberg课题组首次提出了空间转录组的概念,空间转录组技术能够获得组织样本中不同空间位置的转录组数据信息,在单细胞测序的基础上进一步鉴定和区分功能基因在不同的空间位置上的表达,2020年被Nature Methods评为年度技术。当前,根据空间转录组技术获取空间信息的原理不同,主要分为基于原位捕获和测序的空间转录组学技术,基于显微切割的空间转录组学技术和基于原位杂交的空间转录学技术等。其中,激光捕获显微切割术利用激光束切除识别组织区域,其精确性高便捷性好,被广泛应用于活细胞、新鲜冷冻组织等。Chen等将激光捕获显微切割术与单细胞RNA测序技术结合,通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术,构建了一种能够获得少量细胞转录组信息、同时保留细胞原有位置信息的测序方法,这一技术又称为Geo⁃seq。此外,原位杂交技术常用的包括和seqFISH等技术。Eng等基于原有的seqFISH技术,设计了一种可以检测到单个细胞内10 000个基因的超高成像技术,被称为seqFISH+与seqFISH技术相比,其成像效率提高了8倍,具有高通量、高精度和亚衍射极限分辨率的特点,是揭示基因空间信息的重要研究技术。
随着单细胞测序技术的发展成熟,空间转录组技术在分辨率和通量上也得到了大幅度提升。空间转录组技术能够捕获细胞的空间位置信息及相关的基因表达数据,但是目前无法达到单细胞分辨率,而单细胞测序技术能够在单个细胞水平构建各个细胞的表达谱及其基因表达,却丢失了细胞的原始空间分布及通信网络。
出自《单细胞测序和空间转录组技术在口腔医学的应用进展》作者张夏桐,吴文治,陈卓.
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