随着空间转录组技术的更迭与发展，可以根据不同的实验需要整合各种空间转录组技术与单细胞测序数据，在空间上揭示组织单细胞水平的全转录组信息，以进一步描绘组织发生发育与疾病微环境中的特定细胞亚群及其空间位置上的通信网络。口腔医学领域对测序技术的要求具有特殊性，主要表现为口腔组织如牙周、牙髓组织量较小，在传统测序背景下，组织样本量及样本活性较难达到要求，且口腔微生物菌群较复杂、难以实验室培养、对微生物的测序分析尚存在困难。而单细胞测序技术能突破传统测序的局限，使口腔组织的测序更为精确便捷。目前，随着测序技术的进展，常将单细胞测序技术与空间转录组技术结合，以获得高通量水平的单细胞分子信息及空间位置信息。在口腔医学领域，主要应用于口腔间充质干细胞、口腔微生物、口腔组织发生发育和多种口腔疾病的研究中。
 

间充质干细胞是具有自我更新能力的基质细胞。口腔间充质干细胞包括牙周干细胞、牙髓干细胞、牙龈干细胞来源于脱落乳牙的干细胞以及牙乳头干细胞等。间充质干细胞具有异质性，表现在不同供体、不同组织来源、克隆亚群以及单细胞水平，而传统的ｂｕｌｋ测序难以区分出细胞亚群、揭示细胞的异质性。单细胞转录组测序作为研究干细胞异质性的重要手段，在口腔间充质干细胞领域已有初步应用。牙周膜干细胞及牙髓干细胞是口腔间充质干细胞的重要组成部分，Ｐａｇｅｌｌａ等通过单细胞转录组测序发现两者具有极相似的分子特性，相比于其他亚群更高表达ＭＹＨ１和ＴＨＹ１。
 

出自《单细胞测序和空间转录组技术在口腔医学的应用进展》作者张夏桐，吴文治，陈卓.