然而，细胞的发育并非同步进行的，在一次取样的过程中可以取到不同发育状态的细胞，但通过单细胞转录组测序则能够捕获不同分化状态的细胞转录信息。在单细胞转录组测序的数据中，细胞分化状态体现在不同细胞之间基因表达的连续变化，因而可以使用拟时序分析的方法进行细胞分化轨迹的分析。通过拟时序分化轨迹分析可以推断出生物过程中细胞的分化轨迹或细胞亚群的演化过程，并且可用拟时间来表征，拟时间越早代表该细胞位于分化转化过程的初期，反之则位于分化转化过程的末期。
 

伪时序分析，又称拟时序分析或细胞轨迹分析，是一种重建细胞发育轨迹的重要方法。伪时序分析通过基因表达模式对细胞进行排序，以重构细胞的发育路径，适用于研究胚胎发育、细胞重编程、癌细胞分化等过程。Monocle是伪时序分析的代表工具，它基于scRNAseq的表达矩阵，通过无监督学习（Reversed Graph Embedding算法）的方式将细胞置于发育轨迹的不同分支上，重建细胞分化路径，从而模拟细胞群体生物学过程。
 

出自《单细胞转录组学视角下的脂肪组织异质性》作者:王永浪,陈思思,李奇隆.