为了解决其存在的问题，有团队尝试对VP1起始密码子进行替换，但此方法缺乏不同血清型AAV生产所必需的灵活性。ZOLOTUKHIN等人通过筛选效果较弱的KOZAK序列，改变了核糖体扫描起始位点，建立了能够包装多种AAV血清型的昆虫包装系统，此系统与哺乳细胞包装系统相比，病毒VP1和VP2蛋白含量大大增加，并且包装的AAV5病毒DNA污染率更低、生物效价更优，在小鼠大脑组织中的转导效率更好。除了对于包装系统的优化外，衣壳蛋白表达单元的设计对于组装有效的基因治疗载体也至关重要。
 

应用腺相关病毒载体时发现，它的基因组在核内表达效率十分有限，并且对于某些难转型细胞，其介导的基因转导较低，而这可能与其胞内运输和核内活动有关。据研究报道，细胞中存在一种伴侣蛋白 FKBP52，它会在细胞表皮生长因子受体蛋白酪氨酸激酶的作用下，发生酪氨酸或苏氨酸/丝氨酸磷酸化，在AAV介导外源基因胞内运输时，磷酸化的FKBP52 能使其衣壳表面的酪氨酸残基磷酸化，衣壳蛋白泛素化水平因此提高，被蛋白酶体识别和降解的概率大大提高，最终外源基因表达效率受到抑制，并且，在细胞核中，磷酸化的FKBP52会与AAV载体基因组3端的D序列结合，阻碍基因组第二条链的合成，从而降低AAV载体介导的基因表达效率。此外，低效率的内含体-溶酶体逃逸过程也可能阻碍其顺利完成胞内运输过程，阻碍基因表达。
 

出自《腺相关病毒载体在基因治疗领域中的应用和挑战》作者谭靓，李泰明.