部分激酶对于转录因子EB具有正向调控作用，比如研究发现腺苷一磷酸活化蛋白激酶可磷酸化转录因子EB上第466/467/469位丝氨酸位点，通过构象改变使转录因子EB具有转录活性，同时不影响其核定位。PP2是一种调节蛋白代谢的蛋白磷酸酶，包括蛋白磷酸酶2A和蛋白磷酸酶3，它们利用催化亚基和调节亚基之间的组合、相互作用来实现底物特异性。在近期研究中发现，亚砷酸钠可降低转录因子EB第211位丝氨酸磷酸化导致其核积累，而蛋白磷酸酶2A磷酸酶的催化抑制或耗竭足以防止转录因子EB第211位丝氨酸响应亚砷酸盐而去磷酸化，并且通过质谱分析发现蛋白磷酸酶2A使转录因子EB上第109/114/122/211位丝氨酸去磷酸化，确定了一种通过刺激蛋白磷酸酶2A而不抑制哺乳动物雷帕霉素靶蛋白来促进转录因子EB激活的新机制。
 

除了蛋白磷酸酶2A以外，还有研究表明蛋白磷酸酶3在转录因子EB的调节过程中也起到了正向调节的作用，比如在经蛋白磷酸酶3抑制剂处理的运动神经元变性模型中，转录因子EB的第142位点去磷酸化明显被抑制，转录因子EB核易位减少。进一步研究还发现，蛋白磷酸酶3C还可通过钙离子-SM阿尔茨海默病特异性E3泛素蛋白连接酶1-蛋白磷酸酶3通路或黏脂蛋白1-钙离子-蛋白磷酸酶3通路去磷酸化转录因子EB上第211位丝氨酸位点，以促进转录因子EB核输入。转录因子EB乙酰化是近年来被提出的一种新型翻译后修饰。
 

最初，BAO等发现脱乙酰酶1（组蛋白脱乙酰酶）通过与转录因子EB免疫复合物相互作用，去乙酰化转录因子EB第116位赖氨酸位点来增强其转录活性，从而增强溶酶体功能并促进β-淀粉样蛋白降解，显著减少淀粉样前体蛋白/早老素1转基因小鼠脑内淀粉样蛋白斑块。
 

出自《转录因子 EB 介导自噬溶酶体通路改善阿尔茨海默病》作者胡亚琳，黄凤琴，杨伯银。