马赛克蛋白疫苗是根据目的蛋白的同源蛋白氨基酸序列库进行设计的，具有最高的9-mer表位覆盖率，因此做成的疫苗对异源毒株交叉保护性具有天然的优势。Barouch等设计了HIV-1三种主要蛋白Env、Gag和Pol的嵌合抗原，制备成马赛克疫苗。接种恒河猴后发现其保护率高达 87％至 90％。后来相继有科研团队利用马赛克疫苗对 HIV-1 的预防进行了研究，均取得不错的疫苗效果。
 

除了在HIV-1的预防中的应用，马赛克疫苗还被广泛应用到其他病毒的防控上。Lokhandwala等分析了牛病毒性腹泻病毒的BVDV-1a, BVDV-1b和BVDV-2三种亚型的具有决定性保护作用的基因序列，构建了三种新型的马赛克疫苗，免疫后产生了针对不同 BVDV 毒株的抗体以及 IFN-γ分泌T细胞。
 

Cui 等基于猪繁殖与呼吸障碍综合症病毒的GP5蛋白序列设计了两个马赛克GP5 DNA疫苗，免疫疫仔猪后发现，淋巴细胞增多，IFN-γmRNA表达水平增加，IL-10 mRNA的表达水平降低，血清中的病毒含量降低，并且产生了中和抗体，仔猪腹股沟淋巴结、脾脏和肺部的病毒载量低于对照组仔猪。
 

马赛克疫苗在HIV-1、BVDV和 PRRSV上的应用充分证实了其在病毒性疾病的通用疫苗开发中具有巨大的潜力。利用马赛克T-细胞疫苗设计软件获得了PCV2病毒的马赛克Cap蛋白氨基酸序列，其对于66条参考 PCV2 Cap蛋白序列具有较好的表位覆盖，且与PCV2 HeB-1株Cap 蛋白序列最为相似，仅有4个氨基酸的差别（A68N、R90L、S169G、V215I，未发现氨基酸插入、缺失现象。马赛克 Cap 蛋白与PCV2 HeB-1株、PCV2 LN-3 株和PCV2 LG株的同源性分别为 98.3％、97.0％、91.8％，与当前PCV2d亚型占主导地位的结果相符。马赛克Cap蛋白氨基酸序列的获得，为进一步 PCV2病毒通用疫苗株的选择奠定了基础。
 

出自《猪圆环病毒2型新型疫苗的研制及中和抗体快速检测方法的建立》作者侯竹美