单细胞测序技术主要包括以下4个步骤：单细胞分离获取，DNA或RNA序列扩增，基因测序及数据分析。
 

单细胞分离获取

单细胞标本传统上是从肿瘤组织或体液的活检中获得的，为了从大量混杂细胞中分离出目标细胞需要选择以下方法（无限稀释法、单细胞显微镜操作法、流式细胞仪分选细胞法、激光捕获显微切割法、微流控技术等），这些方法各有利弊，要根据具体的情况进行方法的选择。

无限稀释法

将目的细胞群从新鲜组织中分离出来，然后放入悬浮液中，进行倍比稀释，直至获得单个目的细胞。该方法的局限性在于操作员对技术的掌握程度，分离多个细胞的较高概率以及较低的获取率。
 

单细胞显微镜操作法

在高倍镜下分选细胞，但有操作难度大，获取数量较少的缺点。
 

流式细胞仪分选细胞

通过荧光标记，根据细胞各自的特性，分选单个细胞或细胞群的技术。
 

激光捕获显微切割

利用激光脉冲将目标切片附在有热塑膜的涂片上，进而实现细胞分离。主要应用于癌症单细胞的分离研究。
 

微流控技术

利用微流控芯片上的微管道进行多种单细胞分选。这种方法可以批量测序所有的基因，从而降低了单细胞测序的成本，提高了测序效率，同时也方便了研究者。因此，微流控技术是目前最理想的单细胞分离方法，具有广阔的应用前景，值得进行规模化的推广和应用。
 

出自《单细胞测序技术及其在乳腺癌中的应用进展》作者杜彦宏，季雄娟。