微自噬与巨自噬不同，该类型不涉及转运中间体，是直接由溶酶体降解物质的过程。目前，对微自噬的分子调控机制的研究主要集中在底物识别、吞噬和降解方面。其中，泛素化和ATG8主要参与底物的识别过程。泛素化是微自噬一种上游信号，而ATG8酰化则有助于将蛋白质和细胞器传递给内溶酶体。识别后，通过SNARE复合体、ESCRT复合体以及细胞器之间的膜接触位点等方式对货物进行吸收隔离，最后被溶酶体水解酶降解，该过程主要由mTORC1和TFEB调控。
 

CMA是一种选择性的自噬降解形式，其选择性取决于底物蛋白中的靶向基序，即一种与KFERQ具有生化相似性的五肽序列。因此，也可通过翻译后修饰使底物蛋白去除或携带KFERQ样基序来调节CMA的水平。在CMA过程中，该序列首先在细胞质基质中被伴侣蛋白HSCP70识别，靶向触发该自噬途径中溶酶体外膜上的LAMP2A多聚化形成易位复合物，并与内膜上的Lys-HSP90结合，维持复合体的稳定性。这种蛋白复合体允许底物蛋白质被摄入到溶酶体腔中进行降解。随后，由Lys-Hsc70和延伸因子1α诱导LAMP2A多聚体分解为单体形式，允许新底物的结合。LAMP2A作为转运底物蛋白的中间体，在溶酶体中的状态很大程度上决定溶酶体水解酶降解的速率。
 

出自《自噬与间充质干细胞治疗神经退行性病的相互作用》作者肖怡，卢硕，葛丽特 。