然而，基于单细胞转录组学所提出的异质性是根据标记基因的表达丰度对细胞进行分类以解读细胞状态的方法，这种分类可能只反映了细胞在某个特定阶段的基因表达状态，而并非细胞的固有属性。因此，将同一类型的细胞划分为不同的亚群可能并不总是准确的，因为细胞可能在不同阶段表现出阶段性或周期性的表达模式，其本质仍然是同一类细胞，只是由于基因表达的不同发展阶段而呈现出不同的亚群特征。其次，单细胞转录组学分析中的细胞亚群聚类结果，受到研究者主观性以及细胞数量、测序方式、实验操作等客观因素的影响，导致不同研究中的亚群数量和分类存在不一致性，进而引发命名混乱。目前，尚缺乏统一的命名体系来规范细胞亚群。
 

单细胞转录组学虽能揭示细胞异质性，但其缺乏细胞的空间信息限制了对细胞在组织中的精确定位和相互作用的理解。因此，越来越多研究开始将多组学进行联合分析，如单细胞转录组学与空间转录组学和时空转录组学的联用，能够让我们深入理解健康和疾病状态下细胞的结构与功能。空间转录组学作为一种在组织切片上直接检测基因表达的技术，能够保留细胞的空间位置信息，从而解析细胞间通讯网络在空间上的分布。而时空转录组学能够通过在时间维度上记录基因表达的动态变化，有助于深入挖掘细胞的发育轨迹和状态转换过程。
 

出自《单细胞转录组学视角下的脂肪组织异质性》作者:王永浪,陈思思,李奇隆.